経口妊娠中絶薬RU486による中絶は、通常血栓や細胞組織を含む出血と同時に、痛みやけいれんといった副作用をもたらします。吐き気、嘔吐、下痢、頭痛、めまい、ほてりや発熱が起こることもあります。

　発熱は、ミソプロストール服用後すぐに始まり、熱の持続時間が24時間以内で、38 度ぐらいの熱というのが、一般的な副作用です。発熱が24時間以上続く場合、または38度より高い場合は、診察を受ける必要があります。

　又、経口妊娠中絶薬RU486へのアレルギー反応で、じんましん（かゆみを伴うみみず腫れや皮膚の隆起）が出ることもあります。

　副作用がひどい場合は合併症が生じている可能性がありますので、普通ではない副作用があると思う時には「中絶合併症はどうすれば分かり、合併症があった場合すべき事」へ参考にしてください。

　経口妊娠中絶薬RU486による中絶では、特にミソプロストールを使用した後には、ほとんどの女性が痛みやけいれんを経験します。このテーマについての多くの科学的研究において、女性の大半が痛みは月経で経験する痛みより少しひどい程度だと描写しています。吐き気、嘔吐、下痢を経験する女性もいますが、これらについてはミフェプリストンやミソプロストールの副作用というよりも、むしろ妊娠初期の症状であると考えられています。通常これらの副作用は、自然になくなるため、特に医師の診察は必要としません。頭痛、軽いめまい、発熱、ほてりの症状も自然となくなってゆくはずです。